Po vzniku slovenského štátu začína režim Rómov, ktorých označuje za „Cigánov“, perzekvovať, pričom prenasledovanie sa spočiatku upriamuje najmä na kočujúcich Rómov, ktorí nemali stále bydlisko.
Už v roku 1939 sa takýmto Rómom znemožňuje získať štátne občianstvo. Od januára roku 1940 nesmú byť Rómovia príslušníkmi brannej moci. Vojenskú službu musia absolvovať v pracovných jednotkách. Až o niekoľko mesiacov neskôr sa stanovuje, že za „Cigána“ sa má považovať osoba cigánskeho pôvodu po obidvoch rodičoch, žijúca kočovným životom, prípadne vyhýbajúca sa práci. Roku 1941 potulným Rómom úrady rušia kočovné listy a nariaďujú im návrat do domovských obcí. Podľa nariadenia im tiež berú (alebo pália) povozy. Nátlakom ich „usádzajú“ v blízkosti obcí, štát sa dokonca snaží vymenovať im rómskych „vajdov“.
V roku 1941 sa začínajú vytvárať pracovné útvary pre tzv. asociálov, medzi ktorých boli zaradení aj „Cigáni bez pracovného pomeru“.
Najprv sa budujú ako dočasné, teda sezónne, no od roku 1942 sa zriaďujú ako stále. Zriadené sú napríklad v Hanušovciach nad Topľou, Bystrom nad Topľou, Nižnom Hrabovci a v ďalších miestach na východnom Slovensku, kde rómski muži tvorili asi polovicu z celkovo 3000 väzňov. Ďalšie takéto pracovné útvary vznikajú v Dubnici nad Váhom, Ilave, Revúcej a Ústí nad Oravou. Panuje v nich prísny režim.
Na jeseň roku 1944 zriaďuje Ministerstvo národnej obrany v Dubnici nad Váhom Zaisťovací tábor pre Cigánov, v ktorom už sú uväznené celé rómske rodiny. Keď v otrasných hygienických podmienkach tábora vypukla v zime 1944/1945 epidémia týfusu, nemeckí vojaci chorých povraždili.
Od septembra 1944 dochádza k vraždeniu rómskeho obyvateľstva aj inde na území vtedajšieho Slovenska. Už v septembri 1944 boli zavraždení Rómovia v Kvetnici, ďalšie vraždy Rómov boli neskôr spáchané v Tisovci, Čiernom Balogu, Kremničke, Nemeckej, na zvolenskom židovskom cintoríne a na ďalších miestach.